阻垢劑可以用于控制陶氏反滲透膜的碳酸鹽垢、硫酸鹽垢以及氟化鈣垢，通常有三類阻垢劑：六偏磷酸鈉(SHMP)、有機磷酸鹽和多聚丙烯酸鹽。

相對聚合有機阻垢劑而言，六偏磷酸鈉價廉但不太穩定，它能少量的吸附于微晶體的表面，阻止結垢晶體的進一步在陶氏反滲透膜表面生長和沉淀。但須使用食品級六偏磷酸鈉，還應防止SHMP在計量箱中發生水解，一旦水解，不僅會降低阻垢效率，同時也有產生磷酸鈣沉淀的危險。

因此，目前很少使用SHMP，有機磷酸鹽效果更好也更穩定，適應于防止不溶性的鋁和鐵的陶氏反滲透膜結垢，高分子量的多聚丙烯酸鹽通過分散作用可以減少陶氏反滲透膜SiO2結垢的形成。

但是聚合有機阻垢劑遇到陽離子聚電解質或多價陽離子時，可能會發生沉淀反應，例如鋁或鐵，所產生的膠狀反應物非常難以從陶氏反滲透膜表面上除去。對于阻垢劑的加入量，請咨詢阻垢劑供應商。避免過量加入，因為過量的阻垢劑對陶氏反滲透膜而言也是污染物。 

在含鹽量為35,000mg/L的海水反滲透系統中，結垢問題沒有苦咸水中那樣突出，海水受濃水滲透壓所困，陶氏反滲透膜系統回收率在30~45%之間，但為安全起見，當運行回收率高于35%時，推薦使用陶氏反滲透膜阻垢劑。

陽離子聚電介質可能會與負電性的阻垢劑發生協同沉淀反應并污染陶氏反滲透膜，需要保證當添加陰離子阻垢劑時，水中不存在明顯的陽離子聚合物。

可以使用Na+離子置換和除去水中結垢陽離子如Ca2+、Ba2+和Sr2+。交換飽和后的離子交換樹脂用NaCl再生，這一過程稱為陶氏反滲透膜的原水軟化處理。在這種處理過程中，進水pH不會改變。因此，不需要采取脫氣操作，但原水中的溶解氣體CO2能透過陶氏反滲透膜進入產品側，引起電導率的增加，操作者仍可以在軟化后的水中加入一定量NaOH（直到 pH8.2）以便將水中殘留CO2轉化成重碳酸根，重碳酸根能被膜所脫除，使反滲透產水電導率降低，FT30膜的脫鹽率在中性pH范圍內較高。